Algoritmické obchodování, včetně HFT, se často soustředí na arbitráž – tedy využívání rozdílů v ceně. To je stejná strategie, kterou používala zmíněná rodina Rothschildů. Platí totiž, že cena stejného aktiva by měla být po odečtení transakčních nákladů (např. dopravy) na všech trzích stejná.
Pokud v Praze (zůstaňme v době Rothschildů) koupím zlato za 1 000 tolarů, za lístek na kočár do Vídně jich dám deset a stejné množství zlata tam mohu prodat za 1 500 tolarů, našel jsem vynikající příležitost pro arbitráž – vydělám 490 tolarů na jedné otočce. Jenže s každou další cestou, ať už mojí, nebo mých konkurentů, kteří si příležitosti vydělat také všimli, se poptávka po zlatě v Praze začne zvyšovat, zatímco ve Vídni vzroste jeho nabídka. Ceny se začnou sbližovat a po nějaké době se cesta do rakouské metropole již nevyplatí.
V případě arbitráže je proto důležitým faktorem rychlost. Kdo zaspí, o možnost zbohatnout přijde. Z tohoto důvodu HFT obchodníci používají nejmodernější komunikační technologie a své počítače umisťují přímo na burzy (tzv. co-location).
Neopodstatněné rozdíly v cenách stejných aktiv na různých trzích se řadí k takzvaným tržním neefektivitám. Tu výše popsanou lze objevit poměrně snadno. Těžší je vydělávat na neefektivitách, které vznikají rozdílnými cenami komodit a finančních produktů, které jsou různé, ale cenově na sobě závisí. A těch je dnes většina. Změní-li se například kurz koruny vůči euru, měla by se změnit cena opce, která mi dává právo koupit euro za měsíc. Řada arbitražérů (tak se nazývají obchodníci, kteří rozdílů v cenách využívají) se tak zaměřuje na otázky, jak se ceny různých aktiv navzájem ovlivňují, nebo na základní problém, jestli jsou aktiva ohodnocena správně.
Typická a logická vlastnost tržních neefektivit je, že se postupně vyrovnávají a po nějaké době mizí. Obchodníci se tedy musí zaměřovat na jiné, nové. Většinou jsou čím dál menší a u těch nejmenších se již nepohybujeme v království jistoty, nýbrž v říši pravděpodobnosti. Zatímco dříve bylo možné obchodovat do značné míry na jistotu, dnes jsou trhy natolik proměnlivé, že lze mluvit pouze o pravděpodobnosti, že obchod vyjde. Abychom i u těch opravdu malých neefektivit něco vydělali, respektive zvýšili pravděpodobnost, že vyděláme, musíme obchod zopakovat co nejvíckrát. To vede k tomu, že arbitražéři často obchodují ve vysokých objemech anebo ve vysoké frekvenci.
Můžeme si to představit jako sázku na hod mincí. Zatímco trh očekává, že orel průměrně padne v polovině hodů, my jsme zjistili, že ve skutečnosti (třeba díky nepřesnému tvaru mince) orel padá častěji. Kdyby padal s devadesátiprocentní pravděpodobností, stačilo by nám vsadit jen na několik málo hodů, abychom si byli jisti výhrou.
Pokud je však neefektivita malá, musíme hod opakovat daleko častěji, abychom dosáhli stejné pravděpodobnosti úspěchu. Bude-li orel padat s pravděpodobností 50,5 %, dosáhneme pravděpodobnosti zisku 99,921 % až při sto tisících hodech. Rizikem přitom zůstává, jestli jsme neefektivitu odhalili správně. Pokud bude orel ve skutečnosti padat méně často než panna, můžeme přijít o hodně peněz. Z tohoto důvodu by vysokofrekvenční společnosti měly obchodovat na svůj účet, a ne s penězi klientů.
Jinou rozšířenou strategií je takzvané vytváření trhů (market making), při kterém obchodník kotuje oboustranně. Tedy nabízí, že finanční aktivum jak prodá, tak koupí. Tím umožňuje ostatním účastníkům trhu provádět obchody. Podobně jako směnárny, kterým se tento obchodní model podobá, vydělávají takzvaní market makeři na rozdílu mezi nákupní a prodejní cenou (takzvaný spread). Často je odměňuje i burza, která si jejich činnosti cení, protože zvyšují její přitažlivost. Jednak je na trhu stále někdo, kdo aktivum odkoupí či prodá (market makeři se k tomu někdy přímo smluvně zavazují). A jednak jsou ceny výhodnější. I tato strategie ale skýtá mnohá úskalí. Aby se market makeři nestali snadným terčem pro výše zmiňované arbitražéry, musí rovněž používat chytré algoritmy, odhalovat jejich pomocí tržní neefektivity a být dostatečně rychlí.